De Hollandse Herder kent een lange geschiedenis die teruggaat naar 1875 toen de eerste rasbeschrijving vastgelegd werd. Bij de oprichting in 1898 van de Nederlandse Herdershonden Club (NHC) werd de eerste oorspronkelijke rasstandaard gepubliceerd.
In eerste instantie kende de Hollandse Herder 6 haarvariëteiten: kortharig, middelharig, langharig met staand haar, langharig met liggend haar, stekelharig en ruwharig. Pas in 1906 is dat teruggebracht naar de huidige 3 haarvariëteiten: kortharig, ruwharig en langharig.

De Hollandse Herder was (en is nog steeds) een echte boerderijhond en behoort tot de ‘hoedende’ herdershonden. De karaktereigenschappen van toen: bewaken van de kleine boerderijdieren en de gezinsleden, het hoeden van de kudde,  zie je nog steeds terug in de huidige Hollandse Herder.
Door de veranderende bestemmingsplannen verdwenen veel schaapskudden en raakte de Hollandse Herder overbodig als schapenhoeder. Daardoor dreigde de Hollandse herder te verdwijnen uit het landschapsbeeld. Om het ras in stand te houden werd naar honden gezocht die op het platteland aanwezig waren en voldeden aan het rasbeeld van de Hollandse Herder.
Het stamboek is pas gesloten op 1 februari 1971. Na die tijd was het niet meer mogelijk om zogenaamde look-a-likes in het stamboek in te kruisen.

De opbouw van met name de Langhaar variëteit kent veel problemen. Rond 1930 was de Langhaar vrijwel verdwenen, maar door het fokken met look-a-likes van het platteland kreeg de Langhaar weer enigszins bestaansrecht. Toch was de basis in 1966 opnieuw erg klein en werd er bij de Raad van Beheer om toestemming gevraagd voor een variëteitskruising. Vanaf die tijd wordt het stamboek opgebouwd via onderlinge combinaties van volbloed langharen met afstammelingen van deze combinatiehonden. Dit werd nogmaals herhaald in 1974 waarbij opnieuw een korthaar x langhaar combinatie redding moest bieden.
Tot de jaren 1980 groeit het Langhaarbestand naar zo’n 250 honden, maar de verwantschap is nog te groot om daarmee uit de gevarenzone te zijn. In 1988, 1992 en 2001 worden opnieuw variëteitskruisingen toegepast met Kortharen en in 1984 wordt er een Tervuerense herder gebruikt om de genenpool van de Langhaar te verbreden.
Op dit moment is het voortbestaan van de Langhaar en Ruwhaar opnieuw in de gevarenzone en heeft de NHC in samenwerking met de VVHH een plan van aanpak opgesteld voor variëteitskruisingen tussen Langhaar x Korthaar en Ruwhaar x Korthaar.

Daarmee lijkt de Korthaar buiten de gevarenzone te blijven, echter niets is minder waar. Ook de Korthaar kampt met problemen en de toekomst is verre van rooskleurig te noemen. Door het ontstaan van 2 rasverenigingen eind jaren tachtig van de vorige eeuw is er een tweesplitsing ontstaan tussen bloedlijnen bij de NHC enerzijds en de VVHH anderzijds. Door de soms wat rigide houding van de fokkers, worden de bloedlijnen vrijwel niet onderling met elkaar gekruist waardoor de lage verwantschap onvoldoende wordt benut.
Vooral de VVHH die van oudsher op de Korthaar variëteit is gericht komt daarmee in de problemen, juist ook omdat zij strengere selectievoorwaarden hanteert v.w.b. exterieur, gedrag en gezondheid.
Op dit moment zijn er goede banden tussen de besturen van NHC en VVHH en zien we dat de zogenaamde ‘kruisbestuiving’ tussen beide rasverenigingen beter benut wordt.